Standardで、まっさらの状態のCPUからシステム構成を読み出してシステム定義に反映させることができますか？

[オンライン接続CPU選択]ダイアログで[実構成を反映]にチェックを入れて オンライン接続することで可能です。
内部的に、ローダからCPUのシステム定義に対して初期化書き込みが行われるので、運用中のシステムに対しては行わないでください。
読み出し可能な範囲は、SXバス接続されたモジュールのみです。
複数枚ベースを使用したシステムの場合、読み出し結果は、１枚のダミーベースとなります。
TリンクやDeviceNetなどのリモートI/Oの情報は読み出しできません。