Expert(D300win)にてプロジェクト比較を異なるバージョンで実施したところ、それぞれで比較結果が異なりました。なぜでしょうか？

異なるバージョンでコンパイルを実行した結果、コンパイルした時の条件（メモリ割り付け状態）が異なり、
変数を自動割り付け（変数にアドレスを指定しない）時の実メモリ割り付け状態が異なることが考えられます。
変数を自動割り付けにしている場合は、メモリ割り付け設定やコンパイルするその時々の、メモリ割り付け状態により、最終的な結果が異なる場合があります。
「フロントエンドコード」「バックエンドコード」のチェックを入れた圧縮プロジェクトを開くことで再コンパイルが不要となりメモリ割り付け状態も同一となります。